باسیلوس   Eyuki و  AvesoBmore

باسیلوس   Eyuki

در اینجا، ما ژنوم های باکتریوفاژهای باسیلوس   Eyuki و  AvesoBmore ، که از نمونه های خاک شهر Ellicott   و بالتیمور، MD، توسط محققان در مقطع کارشناسی به عنوان بخشی از پروژه  SEA فاژها (باکتری خوار) (1) جمع آوری شده را عرضه می کنیم.

اطلاعات بیشتر در مورد این و دیگر فاژهای باسیلوس جدا شده توسط محققان در مقطع کارشناسی را می توان در سایت http://bacillus.phagesdb.org/  پیدا نمود.

این فاژها با DNA دو رشته ای روی باسیلوس thuringiensis زیرگونه ATCC 33679  kurstaki  جداسازی شده که گرم مثبت و میله ای ، به حالت آندوسپور و عضوی از گروه باسیلوس سرئوس (2) می باشد.

Eyuki و AvesoBmore  به وسیله  ILLUMINA  با پوشش 1،653* و *3،425 توالی سنجی شده و با داشتن ژنومهای  162252 و 167431 BP  در درازا با  38.8٪ و 37.7% محتوای G+C، و با داشتن تکرار مستقیم انتهایی تعیین شده اند.

بررسی ژنوم نشان داد Eyuki حاوی 300 ژن کدگذار پروتئین و AvesoBmore  302 ژن کد گذار پروتئین دارد، که با هیچ فاژ حاوی ژن tRNA مشابه نمی باشد.

ما یک روش تکراری که برای شناسایی اثر کاربرد ترجمه رمز ژنومهای باکتریایی باسیلوس  thuringiensis  و سایر گونه های باکتریایی اعمال می شود را به عنوان الگو برای آنالیز بایاس برای نحوه استفاده رمز در ژنوم های  Eyuki و AvesoBmore (بکار بردیم)

(3). سوگیری کاربرد رمز هر دو فاژ نشانگر شواهد روشنی از سازگاری برای میزبان و به طور وسیع برای گروه باسیلوس سرئوس با ارائه ژنهای ساختاری با غنای معنی دار در سوگیری ترجمه رمز می باشد.
فاژهای  خوشه ای  C ، دارای ویژگی های قابل توجه در شرایط محتوای ژنی می باشد.

به سبب علاقه خاص،  یک هومولوگ RecA و یک زیرواحد F سیگمای به شکل هاگ زا از  RNA پلیمراز حضور دارد.

با استفاده از آنالیز فیلوژنتیک، ما تاریخچه تکاملی از چندین پروتئین باکتری خوار را بازسازی کردیم. نتایج ما شواهد روشنی از انتقال ژن های جانبی را از باکتری، در برخی موارد نشان می دهد.

هومولوگ SIGMA F

آنها همچنین این ایده را که هومولوگ SIGMA F  در مشتقات این فاژها عامل سیگما تولید هاگ خانواده باسیلوس پیدا شده و اشاره ای به منشا یوکاریوت/ archeal ،  پروتئین نوترکیبی  RecA می باشد را پشتیبانی می کنند.

این نتایج مشخص، تاریخچه ژنتیکی این فاژهای  بزرگ ژنوم را متمایز می کند و شواهد موزاییسم قابل توجهی را نشان می دهد.

مقایسه Eyuki  و AvesoBmore

مقایسه Eyuki  و AvesoBmore  با ویژگیهای قبلی فاژهای باسیلوس در سطح DNA و پروتئین نشان می دهد که  Eyuki از نزدیک با  WPH (شماره دسترسی بانک ژنی HM144387.1)،Hakuna  (شماره دسترسی  KJ489399.1)  و مگاترون (با شماره دسترسی  KJ489401.1) مرتبط است ، که در  زیرخوشه C1 فاژهای باسیلوس پیدا شده، در حالی که AvesoBmore  به شدت با ترول (شماره دسترسی  KF208639.2) و رایلی (شماره دسترسی KJ489402.1) مرتبط است که در همین اواخر به نام فاژهای C3 معروف شد.

(A. B. Sauder, M. R. Quin, A. Brouillette, S. M. Caruso, S. Cresawn, L. Lewis, K. Loesser-Caser, M. Pate, C. Scott, S. Stockwell, and L. Temple, unpublished data). اینترون حاوی اندونوکلئاز مشهور لانه گروی (4) در DNA پلیمراز  کدگذاری شده ژنی  Eyuki  مشخص شد و در فاژهای باسیلوس ا CAM003، Hoody T وMegatron  شرح داده شد (سودر و همکاران را ببینید).

شماره های دسترسی توالی نوکلئوتید.

توالی کامل ژنومی فاژهای باسیلوس  Eyuki، شماره دسترسی  KT207918  و  AvesoBmore، شماره دسترسی  KT307976، در بانک ژنی نگهداری می شوند.